Ordonné prêtre le 10 août 1910, Pio de Pietrelcina distribue des images sur lesquelles il a fait imprimer :

« Jésus, mon souffle et ma vie aujourd'hui en tremblant je t'élève dans un mystère d'amour, qu'avec toi je sois pour le monde Voie, Vérité, Vie et pour toi prêtre saint victime parfaite. »

BOUFLET Joachim (2001-2004), Encyclopédie des phénomènes extraordinaires dan la vie mystique

Cette prière exprime les aspirations du nouveau prêtre. Elle annonce ce que sera sa vie : un sacrifice à la louange de la gloire de Dieu. Chez Padre Pio, le sacerdoce ministériel ne peut se concevoir sans cette dimension oblative, qui unit le prêtre au sacrifice du Christ. Une parole du concile Vatican II s'applique, à posteriori, tout à fait à lui : « Ministres de la liturgie, surtout dans le sacrifice de la messe, les prêtres y représentent de manière spéciale le Christ en personne, qui s'est offert comme victime pour sanctifier les hommes » (Presbyterorum ordinis). Pendant plus d'un demi-siècle, Padre Pio représentera, au sens propre le plus fort, « le Christ qui s'est offert comme victime ». La grâce de la stigmatisation visible, de portée charismatique chez lui, soulignera en permanence cette identification entre l'unique Grand Prêtre Éternel et son prêtre.

D'emblée, à cause de sa santé fragile, son confesseur lui dit lors de sa première messe : « Tu n'as pas beaucoup de santé, tu ne peux pas être un prédicateur. Je te souhaite donc d'être un grand confesseur. » Paroles prophétiques. La vie sacerdotale de Padre Pio s'est épanouie entre l'autel et le confessionnal, toute donnée à la célébration de l'eucharistie et au ministère des âmes.

Un prêtre selon le Coeur de Dieu

Dès 1913, il écrit : « Le Seigneur m'a fait voir comme dans un miroir que ma vie entière ne sera rien d'autre qu'un martyre. Jésus lui-même veut mes souffrances, il en a besoin pour les âmes. » La grâce de la stigmatisation, signe pour l'Église et le monde dans la personne de Padre Pio, est le sceau de cette configuration mystique à Jésus Prêtre et Victime. Si anachronique que puisse paraître aujourd'hui cette dimension du prêtre, elle n'en est pas moins fondamentale, et le concile Vatican II ne s'est pas fait faute de le rappeler. À une époque de remise en cause de certaines formes du sacerdoce, Padre Pio est apparu comme la figure par excellence du prêtre « total », en qui justement étaient soulignées les priorités du ministère : la célébration de l'eucharistie pour rassembler le peuple de Dieu dans la communion ecclésiale, et le soin des âmes. Tout son ministère a été ordonné à l'eucharistie, « source et sommet de toute la vie chrétienne » (Lumen Gentium). Par la confession, il ramenait les âmes à l'eucharistie, à la vraie vie. Par la direction spirituelle et l'apostolat de la correspondance, il stimulait les âmes à s'abandonner sans réserve à l'amour divin. Son leitmotiv était l'amour de Dieu et du prochain. Il s'y donna sans réserve, passant parfois 19 heures au confessionnal — comme le saint curé d'Ars — et guidant les âmes avec la sûreté d'un Don Bosco, dont il se rapproche par ses charismes de discernement. Et sa messe, sommet de sa journée, rassemblait le peuple de Dieu dans la célébration du Dieu de Miséricorde qui a donné son Fils pour la rédemption des hommes. Il fut un prêtre selon le Cúur de Dieu, brûlant de zèle pour la gloire de Dieu et le salut des âmes.